La ciudad fue fundada en 1635 como fortaleza militar española contra los moros de Filipinas.Conocida como la Hermosa Zamboanga y la Ciudad Hispana de Asia (Gracias al idioma Chavacano, lengua criolla con base al español), mantiene como lengua materna el chabacano, nombre que le dieron los españoles a una lengua, fruto del mestizaje, con diverso vocabulario español y sintaxis de las lenguas locales, parcialmente inteligible para los hablantes hispanos debido a que se asemeja bastante más al español que al inglés.Desde noviembre a mayo el clima es seco y el resto del año es la estación húmeda.Llueve muchísimo, y la media anual de precipitaciones es superior a 1300 mm.Más tarde, aparecieron por aquí otros pueblos malayos, los tausugs y los yakans.Durante tres años los españoles tuvieron que vérselas con los moros de Sulú.Así que para salvaguardar los ataques de los piratas moros a las islas septentrionales del archipiélago, el gobernador decidió, dada la posición estratégica de Jambangan, expulsar a los moros y fundar una nueva base naval.La flota española, teniendo noticias de la incursión, se situó al acecho en los estrechos y atacó a la desprevenida flota pirata consiguiendo hundir todos los barcos con su tripulación, incluido su cabecilla, el temido Tagal.Hasta 1718 Zamboanga quedó sin guarnición militar, pero se mantuvo la colonia, y la presencia activa de los misioneros jesuitas.En este período comienza a gestarse el chabacano, lengua actual de los zamboangueños.En 1798 una escuadra inglesa fue rechazada en Zamboanga, salvando la plaza su gobernador Raymundo Español.En 1831 Zamboanga se abrió al comercio internacional tras doscientos años de monopolio peninsular.En septiembre de 1911 Zamboanga fue convertida en ciudad, cuyo primer alcalde fue también estadounidense, Christopher Frederick Bader.Cuando los japoneses invadieron Filipinas, estaban encabezados por el vicealmirante Rokuzo Sugiyama, acompañado por el contralmirante Naosaburo Irifune.Entre los experimentos se incluyen amputaciones, disecciones y vivisecciones en filipinos vivos.
