El cebuano posee dieciséis consonantes: p, t, k, ʔ (oclusiva glotal), b, d, g, m, n, ng, s, h, w, l, r e y.
Las vocales u y o son alófonas, pero la u se utiliza siempre al comienzo de sílaba mientras que la o se usa siempre a final de sílaba.
Cuando los españoles llegaron, se añadió la vocal e, pero solo para las palabras de origen extranjero.
Por ejemplo: El cebuano usa desde hace largo tiempo palabras de origen español, como krus (cruz), swerte (suerte) y brilyante (brillante).
Hay también otros préstamos lingüísticos de lenguas como el árabe: salamat (gracias) y palabras religiosas como imam e Islam, así como del sánscrito: mahárlika [mahardikka] (nobleza) y karma.