La altitud oscila entre los 663 metros al oeste (pico Castellar) y los 380 m al norte, a orillas del río Guadajira, que hace de límite con Feria.

En la época medieval Zafra se sitúa en la línea fronteriza que dividía los reinos taifas de Sevilla y Badajoz, por lo que en 1030 se construye con fines defensivos un castillo en la sierra del Castellar y que el geógrafo hispano-musulmán Al-Bakrí reconocía en 1094 con el nombre de Sajra Abi Hassán.

Los árabes nombraron a la ciudad Safra, Çafra, de la cual deriva la actual Zafra.

Durante la reconquista fue conquistada dos veces, una primera en 1229 por el rey leonés Alfonso IX, pero no sería hasta 1241 cuando definitivamente la conquistaría el rey Fernando III el Santo en una campaña de conquistas por la actual Extremadura, descritas en la Crónica General de España de Alfonso X el Sabio.

Continuó la construcción de la muralla, empezada a construir por su padre, la cual tenía como función tanto la defensa como la fiscalización de los vecinos, comerciantes y viajeros; la construcción duró desde 1426 hasta 1449.

Zafra siempre ha sido una ciudad industrial y comercial que servía como proveedora a todo su contorno, el cual se dedicaba mayoritariamente a la agricultura y la ganadería.

A la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional.

En consideración a su patrimonio, en 1965 la población fue declarada conjunto histórico artístico de interés nacional, tratamiento que ya ostentaba el Alcázar desde 1931.

El término municipal está atravesado por las siguientes carreteras: Por ferrocarril, Zafra se encuentra conectada con Mérida, Cáceres, Huelva y Sevilla, a través de: