Las obras se prolongaron durante bastante tiempo, hasta el punto que en 1544 la capilla mayor de la iglesia estaba sólo comenzada y prácticamente no había nada construido de las dependencias conventuales; el cerramiento lo hace el maestro Francisco Montiel en 1580 y la obra termina en 1590 con las trazas originales del convento alteradas, dando como resultado una iglesia original para esta zona.El incendio llevó casi a la ruina al templo y se perdieron retablo, altares y ornamentación, pero afortunadamente no la imagen del Cristo del Rosario.Cuando fue abandonado en el siglo XIX por los dominicos, el Obispado de Badajoz lo cedió a los claretianos (1881) que tenían en él un seminario y mantuvieron la devoción al Cristo del Rosario, un Cristo muy querido por las personas creyentes de la ciudad de Zafra.Actualmente el templo sigue abierto al culto, perteneciendo a la parroquia de la Candelaria.Es sede de dos de las cofradías que procesionan en la Semana Santa en Zafra y en él se sigue venerando al Cristo del Rosario.
