Y aguas abajo desemboca en el río Gigüela (aunque hay autores que citan que es el Cigüela el afluente del Záncara),[1]​ por su margen izquierda, muy cerca de los Ojos del Guadiana (que actualmente están secos), en el término municipal de Alcázar de San Juan.

El Záncara es un río profundamente humanizado y con estiajes muy marcados; sobre todo en la zona baja, ya que el acuífero 23 está sobreexplotado y el Záncara, si lleva agua, alimenta el acuífero.

Domina el aprovechamiento agrícola de sus riberas, muy llanas y extensas casi desde su nacimiento.

El cauce es, en la mayor parte del recorrido, un canal excavado entre cultivos, ocupado por helófitos y sin apenas vegetación de ribera en las márgenes.

La topografía del terreno, casi totalmente llana, y la naturaleza del sustrato que favorece la percolación de las aguas, dificultó considerablemente el desarrollo y encajamiento de la red fluvial, lo que dio lugar a inmensas superficies inundadas a causa del desbordamiento de los ríos y de los aportes de aguas subterráneas; es muy importante la interrelación entre las aguas superficiales y las subterráneas, ya que estas últimas constituyen el recurso hídrico mayoritario en La Mancha (> 70% del total).