Sin embargo, la supervivencia del parque peligra debido a la sobreexplotación de los acuíferos.

Los científicos creen que, sin medidas políticas contundentes, las Tablas de Daimiel están condenadas a desaparecer.

Durante todos esos años, se construyen canales y desecan hectáreas de humedales.

Paralelamente a los trabajos para la desecación del humedal y sus afluentes, Las Tablas fueron visitadas por ilustres científicos como Félix Rodríguez de la Fuente que, como paraje de singulares características, despertó en ellos un creciente interés.

Así, obtuvo una calificación preferente en el llamado Proyecto MAR del UICN, plan destinado a la custodia y rescate de las áreas húmedas del continente europeo, que iniciaba sus pasos en 1965 con un catálogo de los lugares de mayor valor al respecto, que recomendaba al Gobierno su mantenimiento y protección.

La zona oeste del parque —hoy denominada zona de restauración— fue roturada, desecada y puesta en cultivo, al tiempo que la maquinaria pesada se iba adentrando en el corazón del humedal desde el suroeste (cauce del Guadiana) y por el noreste (Gigüela, Guadiana-Azuer), excavando profundos canales rectilíneos en los lechos meandriformes de los ríos.

La polémica abierta saltó al gran público y tuvo un resonante reflejo en toda la prensa nacional.

Volverían a tener agua, aunque en 1984 quedaron definitivamente secos, iniciándose un desastre ecológico y geológico de graves consecuencias.

La turba que existía en el cauce, generada durante miles de años en condiciones anaerobias bajo el agua, comenzó a arder al secarse, bien de forma espontánea o inducida por incendios en tierras colindantes.

La otra contribución al caudal del río, el Azuer, se convirtió desde 1984 en el único aporte de este cauce; el Guadiana-Azuer, muy mermado ya sin la contribución de las surgencias subterráneas, fue reduciendo progresivamente su aporte al humedal.

El río tributario, de marcado carácter estacional y caudal muy variable —con propensión a crecidas importantes y estiajes prolongados durante los que incluso deja de correr—, no conseguía mantener por sí solo la superficie encharcada del parque, que se reducía año tras año.

Entre ellos destacan el Riánsares, el Záncara, el Córcoles, el Canal del Guadiana (que desagua el pantano de Peñarroya) y el Amarguillo.

De esta forma, el paisaje fue totalmente sustituido por campos de cultivo, quedando desoladas las riberas al bajar tanto la cota del agua como los recursos hídricos, por lo que paulatinamente quedó devastada tanto su fauna como su flora.

En parcelas privadas dedicadas a la caza, se atrae a las aves migratorias empleando cualquier método posible para sustraer el agua e inundarlas —como agujeros en el lateral del cauce disimulados con carrizo— que van drenando el caudal del río a su paso, lo que condiciona que en la actualidad sólo una parte del caudal presente aguas arriba llegue hasta el parque.

También es importante por el gran número de aves migratorias que pasan por la zona como los ánades y los ánsares.

El masegar abunda extraordinariamente, y es el más extenso de los que aún subsisten en Europa Occidental..

En la fauna migratoria sobresale la garza imperial (Ardea purpurea), la garza real (Ardea cinerea), junto con la garceta (Egretta garzetta), los martinetes (Nycticorax nycticorax), el avetoro (Botaurus stellaris), el pato colorado (Netta rufina), el pato cuchara (Anas clypeata), el ánade silbón (Anas penelope), el ánade rabudo (Anas acuta), la cerceta (Anas crecca), el alcotán (Falco subbuteo), el zampullín chico (Podiceps auritus), el zampullín cuellinegro (Podiceps nigricollis), la cigueñuela (Himantopus himantopus), el buitrón (Cisticola juncidis), el bigotudo (Panurus biarmicus), etc.

Luego de la introducción en ellas del gran predador que es el lucio (Esox lucius) se ha puesto en peligro a las especies autóctonas tales como el barbo (Barbus barbus), y el cachuelo (Squalius cephalus), que se hallan también amenazados de desaparición.

De los mamíferos cabe destacar el turón (Mustela putorius), el zorro (Vulpes vulpes), la nutria (Lutra lutra), la rata de agua (Arvicola sapidus), así como los que viven en las proximidades: conejos (Oryctolagus cuniculus), liebres (Lepus capensis), comadrejas (Mustela nivalis) o jabalíes (Sus scrofa).

Merecen mención igualmente el aguilucho lagunero (Circus aeruginosus), la focha común (Fulica atra), la polla de agua (Gallinula chloropus), el ánade real (Anas platyrhynchos), el ánade friso (Anas strepera), el martín pescador (Alcedo atthis), el porrón pardo (Aythya nyroca) y el porrón moñudo (Aythya fuligula).

La turba seca prende por autoignición o por la propagación de un incendio forestal cercano, como así ocurrió en 1988[29]​ y más recientemente en 2009.

Desde tiempo atrás se habían venido realizando otras actuaciones tales como aplastar la turba con grandes palas para cerrar las grietas y evitar así que siga quemándose.

Los encargados del parque afirman que un incendio soterrado es muy difícil de controlar.