Aunque tuvo su época de apogeo en el período clásico de Mesoamérica, sus inicios se remontan al preclásico tardío,[1]​ cuando comenzaron a florecer pequeñas aldeas —como Yucuita— en la zona montañosa al poniente de Oaxaca.

[2]​ Por lo tanto, puede traducirse como Cerro del Dios de la Lluvia.

[3]​ Las referencias proceden del período posclásico temprano, época de la expansión militar mixteca comandada por Ocho Venado.

Las primeras investigaciones en la zona arqueológica fueron realizadas por Alfonso Caso (1948-1949), a quien se deben también las primeras interpretaciones de los códices mixtecos precolombinos.

Durante los trabajos realizados en los años treinta se exploró la Tumba 1, cuya ofrenda resultó de interés porque tenía relación con las culturas zapoteca y teotihuacana.