Fue fundado por los mixtecos durante el Período Preclásico como una pequeña aldea dedicada a la agricultura y al comercio de la obsidiana.

Aunque las poblaciones mixtecas precolombinas no se caracterizan por una arquitectura monumental, en Yucuita se conservan dos complejos arquitectónicos que han sido objeto de numerosas investigaciones a partir de la década de 1930, cuando Esteban Avendaño exploró la zona (1933).

Sobre esta plataforma se localizan los restos de un conjunto habitacional construido en torno a un patio central.

El segundo complejo corresponde al centro ceremonial, del que sólo quedan los restos de la plataforma y dos muros de grandes dimensiones.

El descuido de dicha zona y lo poco explorable han hecho que esta localidad no tenga visitantes a la zona, así mismo el museo de San Juan Yucuita donde se observaban réplicas de la piezas encontradas en esta zona arqueológica ha cerrado sus puertas al público.