[1]​ Yonghesuchus se conoce a partir de dos cráneos, uno con una mandíbula adherida (el holotipo) y otro con vértebras cervicales articuladas.

Al igual que en otros arcosauriformes como Turfanosuchus y Euparkeria, el paladar presenta dientes muy pequeños llamados dentículos.

Detrás del paladar, el hueso basiesfenoides, que forma la parte dorsal de la caja craneana; es largo y se estrecha hacia el frente.

Esta es otra característica distintiva de Yonghesuchus, ya que otros arcosauriformes primitivos tienen huesos basiesfenoides más cortos y anchos.

[1]​ Yonghesuchus, como su pariente Turfanosuchus, tiene dientes premaxilares pequeños, comprimidos y recurvados en la parte frontal de la mandíbula superior.

[1]​ Originalmente no se consideraba a Yonghesuchus como un arcosaurio del grupo corona, sino un arcosauriforme derivado estrechamente relacionado.

Una característica que lo excluyó de Archosauria fueron sus dientes palatinos, ausentes en todos arcosaurio, pero con presenica variante en otros clados.