Es la cabecera del municipio homónimo.
El nombre de Yobaín, significa en lengua maya sobre cocodrilos o lagartos.
El vocablo deriva de las voces yokol, encima y aín, lagarto o cocodrilo.
Entre 1545 y 1555 después de la conquista de Yucatán se fundó el pueblo estableciéndose una encomienda.
Yobaín está ubicada 35 km al nor-oriente de Motul de Carrillo Puerto, entre las poblaciones de Dzidzantún y Sinanché, en la denominada zona henequenera de Yucatán.