El municipio cuenta con 10 localidades, las cuales dependen directamente de la cabecera del municipio, las más importantes son: Yobaín (cabecera municipal) y Chabihau.

Tiene límites administrativos con los siguientes municipios y/o accidentes geográficos, según su ubicación:[6]​ En general posee una orografía plana y está constituido por una llanura de barrera con piso rocoso.

[7]​ El municipio pertenece a la región hidrológica Yucatán Norte.

Su principal clima es el cálido semiseco; con lluvias en verano y sin cambio térmico invernal bien definido.

Alcanzó renombre internacional el municipio por la presencia en su cabecera, durante muchos años, de un terapeuta empírico (quiropráctico) que realizaba curaciones virtualmente milagrosas y que atendió a un numeroso público foráneo que acudía atraído por la fama de este «huesero».