Wilhelm Maurenbrecher estudió en la Universidad de Berlín y la Universidad de Múnich bajo la dirección de Leopold von Ranke y Heinrich von Sybel.
Investigó en el Archivo General de Simancas.
Luego enseñó en la Universidad de Königsberg en 1869, la Universidad de Bonn desde 1877 y en la Universidad de Leipzig desde 1884.
Maurenbrecher fue el primer historiador protestante, quien escribió sobre el movimiento de la reforma católica.
Colaboró con la revista Historische Zeitschrift, revista bimestral de historia fundada en 1859 por Heinrich von Sybel en la Universidad de Múnich.