Kühne estudió química bajo la dirección de Friedrich Wohler, anatomía con Friedrich Gustav Jakob Henle y neurohistología con Rodolfo Wagner.
[1] Recibió su doctorado en 1856, con una tesis sobre la diabetes inducida en ranas.
[cita requerida] Es conocido por haber acuñado el término "enzima" (en alemán, Enzym).
[2] Trabajó, en particular, sobre la fisiología del músculo y nervio, y en el proceso químico de la digestión.
También estudió los cambios químicos que ocurren en la retina por exposición a la luz.