Los años comprendidos entre 1848 y 1914 constituyen según Magnus Levy la "edad heroica de la medicina alemana".

Durante esta etapa trabajó en temas como el de la constitución del tejido epitelial, describiendo los epitelios columnario y cilíndrico.

No obstante, sus trabajos se extendieron al estudio de todos los órganos y tejidos.

Un año más tarde se publicó en Leipzig Allgemeine Anatomie, donde da a conocer sus hallazgos como microscopista y ofrece una clasificación de los tejidos.

En su manual Henle trata de concebir la enfermedad como un proceso material y energético que puede conocerse mediante los métodos de la ciencia natural, no muy diferentes a los procesos que constituyen la vida fisiológica normal del ser humano.

Según Waldeyer, se trata de "un compendio que reúne nuestros conocimientos anatómico-descriptivos en la forma más científica posible".La nomenclatura de los ejes y planos del cuerpo humano es bastante original y su método descriptivo se convirtió en modelo para los estudios morfológicos de su época y posteriores.