En 1834-1835 publicó en Leipzig un libro de texto, llamado Lehrbuch der vergleichenden Anatomie, sobre la asignatura que impartía y que recomendaba a sus estudiantes por su estilo conciso.
Las volvió a publicar con el título Prodromus historiae generationis hominis atque animalium (Leipzig, 1836).
A este período también pertenece un trabajo sobre medicina propiamente dicha, de alcance histórico y sintético, Grundriss der Encyklopädie und Methodologie der medicinischen Wissenschaften nach geschichtlicher Ansicht (Erlangen, 1838), que fue traducida al danés.
En 1843, después de su traslado a Gotinga, comenzó su Handwörterbuch der Physiologie, mit Rucksicht auf physiologische Pathologie, cuyo quinto volumen, un suplemento, vio la luz en 1852; las únicas contribuciones de Wagner en este fueron sobre los nervios simpáticos, ganglios nerviosos y terminaciones nerviosas.
[1] Su siguiente período está marcado por una crítica filosófica al materialismo.
Se continuó con una serie de «cartas fisiológicas» recopiladas en el Allgemeine Zeitung, y los ensayos Glauben und Wissen y Der Kampf um die Seele (Gotinga, 1857).
Wagner conocía los escritos alemanes clásicos, especialmente Goethe y autores relacionados.
A Dictionary of Arts, Sciences, Literature, and General information (en inglés) (11.ª edición).