Durante este cargo, el 26 de marzo de 1858, logra firmar el acuerdo conocido como el Protocolo Urrutia en el cual se le otorgaba un salvoconducto para ser llevado fuera del país al general José Tadeo Monagas quien se hallaba asilado en la legación francesa.

Algunos mandatarios del gobierno no estuvieron de acuerdo con el Protocolo Urrutia y lo desconocieron, impidiendo así que se llevara a cabo lo acordado en el mismo, ante esto Urrutia renunció a su cargo.

[6]​ A su vez, Francia e Inglaterra, firmantes del acuerdo, amenazaron con realizar un bloqueo en las costas venezolanas hasta que se cumpliera lo estipulado.

Fermín Toro, quien ocupó el puesto dejado por Urrutia fue el encargado de hacer que se cumpliera el acuerdo.

Cuando estalla la Revolución Azul, Urrutia sigue participando en la oposición al gobierno y a favor de Antonio Guzmán Blanco.