Wannaganosuchus se basa en SMM P76.28.247, un cráneo y esqueleto postcraneal en su mayoría completos que carece de algunas vértebras, coracoides, parte de los pies, costillas y otras piezas.

La especie tipo es W. brachymanus; el nombre específico significa "antepié corto".

Sus premaxilares (los huesos de la punta del hocico) tenían cinco dientes cada uno, mientras que los maxilares (los huesos principales de la mandíbula superior) tenían trece dientes cada uno, siendo el cuarto el más grande y los últimos tres con coronas anchas y planas.

La mayoría de los escudos estaban quillados, pero no tenían púas.

Estos tres taxones probablemente ocupaban nichos ecológicos diferenciados con base en su tamaño y su morfología.

[2]​ Varios estudios han encontrado de forma consistente que Wannaganosuchus es un miembro de la subfamilia Alligatorinae, aunque su clasificación relativa está en disputa, como puede observarse en los cladogramas a continuación.