[6]​ Dieciséis meses después, el FBI anunció que no se había encontrado ninguna prueba de que se tratara de un acto criminal y cerró la investigación en curso.

El avión accidentado, con matrícula N93119, fue manufacturado por Boeing en julio de 1971, y comprado nuevo por TWA.

[14]​ El día del accidente el avión había partido de Atenas, Grecia, como el vuelo 881 de TWA, y llegó a la puerta del aeropuerto Kennedy (JFK) sobre las 16:38.

[26]​ La NTSB recibió la notificación en torno a las 20:50 del día del accidente; se organizó un equipo completo en Washington D. C., y llegó al lugar de los hechos la mañana siguiente a hora temprana.

Los submarinistas y los vehículos recuperaron cuerpos de las víctimas y restos del aparato; posteriormente se emplearon pesqueros de arrastre comerciales para recuperar restos enterrados en el fondo del océano.

[39]​ Las víctimas eran trasladadas al Instituto Forense del Condado de Suffolk en Hauppauge, Nueva York.

[41]​ Muchos esperaron hasta que los restos mortales de sus familiares fueron recuperados, identificados y devueltos.

[53]​ Mientras tanto la NTSB tenía la labor de refutar o quitar importancia a especulaciones sobre conclusiones y pruebas, frecuentemente suministradas a los periodistas por agentes de la ley o políticos.

[57]​ A los testigos no se les pidió que revisaran o corrigieran dichos resúmenes.

[65]​ También se sugirió que la rotura podía haber comenzado por la separación en vuelo de la puerta de carga delantera; sin embargo todas las evidencias apuntaban a que la puerta estaba cerrada y asegurada en el momento del impacto.

[68]​ Además dichos archivos indicaban que la zona restringida para uso militar (y por tanto prohibida al tráfico aéreo civil) más cercana en el momento del accidente, la zona de operaciones militares W-387A/B, se encontraba a 160 millas náuticas al sur.

[68]​ La NTSB revisó el objeto con desplazamiento a 30 nudos para tratar de determinar por qué no se desvió de su ruta y se dirigió al área donde habían caído los restos del vuelo 800.

[70]​ Sin embargo, de acuerdo con el fabricante, la localización y aspecto coincidía con el adhesivo utilizado en la fabricación de los asientos, y unos tests adicionales llevados a cabo por la NASA identificaron la sustancia como coincidente con adhesivos.

[85]​ El daño por fuego y los depósitos de hollín en los restos recuperados indicaban que se produjeron incendios en algunas zonas del avión mientras continuaba su vuelo tras la pérdida de la sección delantera del fuselaje.

[88]​ No obstante, debido a su limitada precisión, los datos de este radar no sirvieron para determinar si el aparato siguió ascendiendo después de que se le partiese el morro.

[90]​ Todas estas simulaciones mostraban que tras la pérdida del fuselaje delantero el resto del aparato continuó volando, después cabeceó hacia arriba mientras viraba a la izquierda (norte),[87]​ ascendiendo a una máxima altitud entre los 15 537 pies (4735,7 m) y los 16 678 pies (5083,5 m)[91]​ desde su última altitud registrada, 13 760 pies (4194,0 m).

[98]​ Una vez que el acceso a estos documentos dejó de estar controlado por el FBI, la NTSB formó un segundo grupo de testigos para que revisase dicha documentación.

[101]​ Las entrevistas realizadas por el FBI se centraban en la posibilidad de una ataque con misil; a los agentes se les habían proporcionado preguntas sugeridas tales como: "¿dónde estaba el sol en relación con el avión y el punto de lanzamiento del misil?"

[107]​ Los defensores del escenario del ataque con misil afirmaban que algunos de estos testigos observaron un misil;[108]​ sin embargo, el análisis demostró que las observaciones no eran acordes con un ataque de misil sobre el vuelo 800, sino que eran más compatibles con que estos testigos hubieran visto algunas partes de la secuencia de fuego y rotura en vuelo tras la explosión del depósito central.

[109]​ Aunque la NTSB había resuelto ya que el ataque de un misil no era lo que había provocado el fallo estructural de la aeronave, se tuvo en cuenta la posibilidad de que un misil hubiera podido explotar lo suficientemente cerca del vuelo 800 de TWA como para que un fragmento del mismo hubiera penetrado en el depósito central y hubiese encendido el combustible o vapor, pero aun así estuviese lo suficientemente lejos como para no dejar los daños característicos del ataque de un misil.

[111]​ Basándose en estas simulaciones la NTSB determinó que era "muy improbable" que una cabeza de guerra detonada en un lugar desde donde un fragmento pudiera penetrar el depósito central, pero ningún otro fragmento impactase en la estructura circundante del avión y dejase marcas distintivas.

[111]​ Los test realizados por la NTSB y la Agencia Británica de Evaluación e Investigación de la Defensa (DERA en inglés) demostraron que cuando un metal del mismo tipo y grosor que el del depósito central era penetrado por una carga pequeña, la superficie se deformaba en forma de pétalos, las superficies adyacentes se picaban, y existía daño visible por el paso de gas caliente en la zona que lo rodea.

Para que el FQIS hubiese sido la fuente de ignición, debía haber tenido lugar una transferencia de energía más alta del voltaje normal del FQIS, al mismo tiempo que algún proceso mediante el cual el exceso de energía fuese liberado por el FQIS en el depósito central.

Cuando se llevaban seis meses de investigación, al presidente de la NTSB, Jim Hall, se le citó diciendo: " Las tres teorías: una bomba, un misil o un accidente mecánico permanecen vigentes.

"[122]​ La especulación se vio espoleada en parte por las descripciones tempranas, reconstrucciones audiovisuales y declaraciones de los testigos acerca del desastre, incluyendo una explosión repentina y una estela de fuego en el cielo, en especial una estela que se movía en dirección ascendente.

Algunos escépticos llevaron su investigación adelante y sufrieron duras represalias de su gobierno.

800 para una serie, Declassified, producida por Oliver Stone, pero la productora, la cadena ABC, finalmente decidió también no emitir el programa.

En 1996 se actualizaban a diario pocas páginas web gubernamentales; la página de la Armada de los Estados Unidos relacionada con el accidente era actualizada constantemente y tenía información detallada sobre el rescate en la lugar del accidente.

El avión reconstruido se utiliza ahora para entrenar a investigadores de accidentes.

El faro se asienta sobre una tumba que contiene objetos personales de las víctimas.