Esta manifestación religiosa data del año 1530 cuando los españoles trajeron a la Virgen a la actual, isla de Cubagua, Nueva Cádiz primera ciudad fundada en Venezuela por el imperio español; luego del ciclón que azotó a ese territorio insular en 1542, fue trasladada hasta el Valle del Espíritu Santo en la Isla de Margarita, donde aún permanece, en un santuario construido en su honor.
El pueblo de Choya al que se hace mención en los antiguos documentos estaba situado a 1 km del actual homónimo.
Formaban la población españoles encomenderos y pueblos originarios en su gran mayoría cristianos.
En su base puede leerse: “Nuestra Señora de la Limpia y Pura Concepción”.
El vestido cae ocultando los pies, en el cuello lleva una puntilla blanca, le ciñe, a la altura de la cintura, un cinto azul con listones dorados y florcitas rojas.
En 1859 se empieza la edificación del templo, inaugurándose en 1869, aun sin estar totalmente terminada la obra.
Se celebra una romería en su honor el 1 de mayo, cuando la Virgen es trasladada en carreta tirada por bueyes y acompañada por todo el pueblo al convento de Caños Santos.
El día anterior a la romería la virgen procesionan hasta una plaza del pueblo(Cambiando de ubicación cada año) donde se le realiza una ofrenda floral.
Se trata de una talla, hoy vestida, realizada en los principios del siglo XIV.
La portada se sitúa a los pies y sobre ella una espadaña con tres vanos para campanas.
En el interior destacan dos bellos retablos del siglo XVIII dedicados a san Antón y san Isidro, así como el retablo central, con la imagen tallada de la Virgen del Valle del siglo XIII, patrona de esta ciudad, a la que los ciudadanos de esta localidad profesan especial devoción.
Se coronó canónicamente en una ceremonia por el arzobispo Carlos Amigo Vallejo, en 1999.
La veneración a la advocación de la Virgen del Valle en esta ciudad data desde muy antiguo, ya que llega a la ciudad, según la tradición, como regalo a san Fulgencio (obispo de Astigi) por parte del arzobispo de Sevilla San Leandro.
Los primeros datos se fechan a mediados del siglo XVII.
Tras una misa solemne en su honor y se realizan procesiones por las calles del pueblo.