Villefranque proviene del gascón bièla franca derivado del euskera Bazter escrito baster en el 1200 con el significado de villa libre.
En la Edad Media llegó a conocerse como Saint-Martin-de-Basters, perteneciendo como villa libre del obispo de Bayona en el siglo XI.
Este episodio fue retomado por el filósofo y escritor Hippolyte Adolphe Taine en su obra Voyage aux Pyrénées, con ilustraciones de Gustave Doré.
Temporalmente unida a la comuna de Saint-Pierre-d'Irube, fue rebautizada como Tricolore (tricolor, por la enseña nacional francesa) durante el Directorio de la Revolución francesa entre 1794 y 1795.
Villefranque es la localidad natal de Jean Saint-Pierre (1884-1951), célebre escritor en lengua vasca.