Villa Franca es un municipio paraguayo del Departamento de Ñeembucú.
Con una población de 1 138 habitantes es el segundo municipio menos poblado del Paraguay.
Villa Franca fue fundada en 1775 por el gobernador Español Fernando de Pinedo, antes de su fundación estaba habitada por Paranáes, Agacés y Payaguaes que eran conocidos por ser fieros contra sus enemigos los Guaraníes, mientras en el lado argentino estaba habitada por indios Wichís, Mataguayos y Mbayaés (hoy Caduveos).
Este distrito primeramente fue fundado como una reducción para poder defender las costas de la provincia del Paraguay, formando una alianza con los mbokovies, logrando así tener suficiente población para lograr el objetivo principal de la villa "defender la franja norte del Ñeembucú de los asedios por parte de tribus brasileñas y los bandeirantes".
En este municipio el clima predominante de Villa Franca es el subtropical húmedo, que se caracteriza por temperatura templadas, aunque con una humedad elevada lo que origina grandes esteros.