Edificada siguiendo un proyecto del arquitecto Francesco Croce el mismo que diseño la torre gótica más alta de la Catedral de Milán.
Muchos artistas del entorno del Arzobispo de Milán Giovanni Battista Montini (más tarde Papa Pablo VI) se unieron a Bellini con la intención de reconciliar el arte moderno con la Iglesia católica.
Electo Papa en 1963 Pablo VI convocó a Dandolo Bellini a Roma para ocuparse de embellecer el palacio apostólico y sobre todo para organizar la sección de arte moderna y contemporánea del museo Vaticano según el modelo de Villa Clerici.
Villa Clerici fue y es una escuela de arte sacro contemporáneo.
En sus salones se reunieron pintores,escultores, críticos, tratando de unir los anhelos profundos del ser humano con la búsqueda del Divino.