Su carrera la inicia en Trujillo, bajo el amparo de los caudillos Juan Bautista Araujo y Leopoldo Baptista.

En abril de 1914, Juan Vicente Gómez resulta elegido por el Congreso Presidente de la República para el período 1915-1922, pero decide no asumir la Presidencia, permaneciendo en Maracay como comandante en jefe del ejército nacional.

Durante este tiempo Márquez Bustillos informará a Gómez acerca de todos los detalles de la administración y subordina cualquier decisión a la aprobación del «jefe».

En 1924 es propuesto como representante diplomático ante la Santa Sede, pero problemas personales le impidieron presentar las credenciales.

En 1935, es designado como primer secretario del presidente Eleazar López Contreras, pero ante la presión de sectores antigomecistas renuncia a los pocos meses.