Se trata de un vicariato apostólico latino, inmediatamente sujeto a la Santa Sede.
La sede del vicariato apostólico se encuentra en el distrito de Punchana en la ciudad de Iquitos (fuera del territorio del vicariato apostólico), mientras que en el pueblo de Indiana se halla la Catedral de San José Obrero.
La prefectura apostólica de San José del Amazonas fue erigida el 13 de julio de 1945 mediante la bula In catholici orbis del papa Pío XII, derivando el territorio del vicariato apostólico de San León del Amazonas (hoy vicariato apostólico de Iquitos).
[2] El 3 de julio de 1955 el papa Pío XII elevó la prefectura apostólica a vicariato apostólico con la bula Etsi paterna.
Según el Anuario Pontificio 2023 el vicariato apostólico tenía a fines de 2022 un total de 151 000 fieles bautizados.