Su origen data de 1638, cuando se creó un asentamiento cosaco a 90 km al suroeste del actual emplazamiento.
En 1775 el asentamiento fue desplazado hacia la orilla izquierda del río Yana, para facilitar la recogida de impuestos.
El primer exiliado fue el poeta Vikenti Puzitski, quien participó en el levantamiento polaco de 1863-1864.
En 1922 se creó una fosa común, donde están enterrados los soldados del Ejército Rojo que murieron en la guerra civil rusa protegiendo la ciudad de los blancos.
Verjoyansk posee un clima continental fuerte y es conocida por sus bajas temperaturas invernales.