El vapor BAP Pastaza fue uno de los primeros barcos que llegaron a Iquitos junto con su gemelo el BAP Morona para instalar la factoría naval en 1864 y conformar la primera flota amazónica de la Marina de Guerra del Perú.

El Pastaza comenzó su viaje desde Reino Unido hasta Iquitos escoltando al bergantín Próspero que cargaba las maquinarias y los materiales para la construcción del apostadero y la factoría naval, y junto al Morona que escoltaba a la fragata Arica que cargaba a las naves exploradoras Napo y Putumayo los cuales habían sido enfardelados y marcados en piezas para ser transportados en dicho buque, también iba junto a ellos la Goleta Teresa, todas estas naves se dirigieron al Río Amazonas aprovechando la Convención Fluvial de 1858 firmado con Brasil para que el Perú pueda tener acceso libre a dicho río.

Durante el trayecto del Pastaza por el Amazonas su gemelo el Morona que estaba al mando del capitán de fragata Manuel Ferreyros tuvo problemas con las autoridades brasileñas debido al incidente ocurrido en el puerto de Óbidos que incluso llevó a que Perú y Brasil rompieran relaciones diplomáticas,[1]​ por lo que ambos barcos permanecieron en territorio brasileño por un tiempo, finalmente fueron dejados ir luego de un acuerdo diplomático de reconciliación entre Perú y Brasil.

Este importante y gran hecho fue considerado como el nacimiento de Iquitos como una gran e importante ciudad pues hasta entonces era solo una pequeña villa.

Sirvió a la Comisión Hidrográfica del Amazonas de Perú, presidida por el contralmirante John R. Tucker en su exploración y mapeo de la cuenca alta del Amazonas.