Según la tradición popular, el cuerpo de San Isidoro, durante su traslado de Sevilla a León, descansó en la iglesia de Valdefuentes durante una noche; por ese motivo, el santo sería el patrono del lugar.

[4]​ A principios del siglo XX se contabilizaban 100 habitantes y su casco urbano lo conformaban 30 casas reunidas en torno a siete calles y una plazuela, además de tres casas separadas a menos de un kilómetro.

Su entorno era abundante en arbolado y poseía una fuente en las inmediaciones, además de varias en su término.

Llegó a contar con cinco altares y baptisterio independiente.

Por su parte, la torre se encuentra separada de la iglesia.