En 1990, durante la administración del presidente Rafael Calderón Fournier, Víctor Manuel fue designado como Viceministro de Trabajo y Seguridad Social, cargo que desempeñaría hasta 1993.
[2] Laboró como secretario de la Organización Política del Partido Unidad Social Cristiana en 1995.
Entre 1996 y 1998, trabajó como director general del Instituto Costarricense de Estudios Políticos (ICEP).
En 1998, durante la administración del presidente Miguel Ángel Rodríguez, Morales fue designado como Ministro de Trabajo y Seguridad Social.
[1] Entre 2014 y 2016, durante la administración del presidente Luis Guillermo Solís, Morales se desempeñaría como Ministro de Trabajo y Seguridad Social, quien luego sería reemplazado por Carlos Alvarado Quesada.