Fundado en 1961, el Ministerio corresponde a uno de los más políticos, ya que le corresponde coordinar con las organizaciones sociales y políticas, con la Asamblea Legislativa y con las bancadas de oposición, siendo por lo general su puesto en cargo uno de los más cercanos colaboradores del Presidente de la República.

El Ingeniero Mario Quirós Sasso[1]​ fue el primer costarricense en ser designado ministro de la Presidencia en el Gobierno del Presidente Francisco Orlich Bolmarcich en 1962.

El ministro de la Presidencia tiene entre sus funciones coordinar las labores interministeriales e interinstitucionales, ser interlocutor entre el Presidente y la Asamblea Legislativa junto a otras labores similares a las que en otros países recaen sobre un Jefe de Gabinete o Primer Ministro, por lo que usualmente se nombra a una persona de extrema confianza del Presidente.

No es inusual, además, que muchos exministros de la Presidencia hayan sido luego presidentes de la República.

La sede del Ministerio de la Presidencia se encuentra en la Casa Presidencial, en Zapote.