En 1824, el papa León XII devolvió a los jesuitas su derecho a la enseñanza, fundándose la Universidad Gregoriana, pero permitió al clero secular continuar dedicándose a la enseñanza superior y le asignó como sede el Palacio de San Apolinar, donde Pío XI fundó la Facultad de Derecho Canónico y de Derecho Civil, así como el Pontificio Instituto Utriusque Iuris.
El nuevo instituto asumió el nombre de Ateneo del Pontificio Seminario Romano.
Juan Pablo II en 1981 creó en dicha Universidad al Pontificio Instituto Juan Pablo II para Estudios sobre el Matrimonio y la Familia, que tiene la potestad de otorgar títulos de estudio iure proprio.
La Universidad cuenta con las siguientes Facultades: Sagrada Teología, Filosofía, Derecho Canónico, Derecho Civil, además de los institutos mencionados y otros que se encuentran fuera de la sede y se hallan ligados a ella.
Fue docente en ella el cardenal Roncalli, que luego sería el papa Juan XXIII.