La tradición universitaria de la UNGE se remonta al período colonial español, cuando se crearon las primeras escuelas superiores del país, ancladas en la preocupación española ante los diversos movimientos de descolonización que comenzaban a ganar cuerpo en el continente africano.
Mientras que el país se independizó, bajo el mando del dictador Francisco Macías Nguema, la escuela fue reformulada, pasando a denominarse en 1971 de Escuela Superior Martin Luther King (ESMLK).
[9] Estas cuatro escuelas dieron la posibilidad de madurar la enseñanza superior al país, mientras que formaron importantes cuadros técnicos.
Ante el gobierno vio la necesidad de implementar una universidad que viniera a federar las instituciones.
[9] En 2015 la universidad se organizaba de acuerdo con la siguiente estructura orgánica: La UNGE todavía está compuesta por 3 escuelas universitarias afiliadas: El Campus Principal, en Malabo, se encuentra en la Avenida Hassan II.
En investigación y divulgación científica, mantiene la revista "Modjo Muan Nan".