Las mismas están descentralizadas, encontrándose distribuidas en las cuatro sedes: Paraná, Concepción del Uruguay, Concordia, y Gualeguaychú.

También pertenecen a la universidad escuelas situadas en Oro Verde, La Picada, Paraná y Concepción del Uruguay.

A continuación se listan las instituciones terciarias que dieron origen a las unidades académicas de la UADER:[3]​ En 2001, la CoNEAU le otorgó el reconocimiento nacional a la UADER, sujeto al cumplimiento de un plan de reconversión que terminó en 2008.

En diciembre de ese año se lleva a cabo la primera Asamblea Universitaria que permitió elegir Rector y Vicerrector mediante el voto de los claustros.

La gestión institucional de la Universidad se lleva adelante desde el Rectorado, con sede en Paraná.