El Campus Mexicali también cuenta con tres Unidades de Formación Básica formalmente llamados Centro Universitarios Guadalupe Victoria, Ciudad Morelos y San Felipe.

En conjunto, la UABC posee ocho escuelas, 27 facultades, siete institutos de investigación y cinco centros de estudios con los cuales ofrece 119 programas académicos individuales divididos en 63 licenciaturas, 14 especialidades, 28 maestrías, y 14 doctorados.

Para el año escolar 2013-1 (febrero - junio), UABC reportó 57,755 estudiantes inscritos con 22,222 en Mexicali, 20,278 en Tijuana, 10,914 en Ensenada y 4,341 en la Unidad Valle de las Palmas.

La misión de la UABC es formar integralmente ciudadanos profesionales, competentes en los ámbitos local, nacional, transfronterizo e internacional, libres, críticos, creativos, solidarios, emprendedores, con una visión global, conscientes de su participación en el desarrollo sustentable global y capaces de transformar su entorno con responsabilidad y compromiso ético; así como promover, generar, aplicar, difundir y transferir el conocimiento para contribuir al desarrollo sustentable, al avance de la ciencia, la tecnología, las humanidades, el arte y la innovación, y el incremento del nivel de desarrollo humano de la sociedad bajacaliforniana y del país.

Aunque la creación de la UABC se formuló cuidadosamente a través de su Ley Orgánica- la cual establece sus órganos fundamentales, el comienzo de su establecimiento físico se dio casi improvisadamente ya que cuando esta se fundó no contaba con la infraestructura- tanto como en personal, así como en territorio- para llevar a cabo su formación.

Fue así que durante sus primeros años, la UABC hizo uso del ya existente edificio de la entonces Escuela Cuauhtémoc en Mexicali como inmueble para llevar a cabo sus primeros pilares académicos.

Los últimos dos años de la década de los 50s, la UABC los ocuparía en establecer y designar su estructura administrativa y aparatos académicos pioneros; empezando con el Comité Estatal Pro Universidad, el cual se formó seis meses después que nace la institución y posteriormente, durante este periodo, fue formada la Junta de Gobierno.

Parte de la misión del Dr. Silva Cota fue incrementar el campo académico a un nivel profesional.

En mayo de 1961, el Licenciado Luis Echeverría Álvarez hizo su primera visita al nuevo plantel universitario.

Luis Echeverría Álvarez y el gobernador del estado, Eligio Esquivel Méndez.

En 1967 se forma la Escuela de Ingeniería en Mexicali y en 1968 se hace uso del borrego cimarrón como mascota deportiva por parte del profesor de educación física, Victorino Vara.

En 2009 fue inaugurado el último plantel de la universidad en la primera ciudad satélite autosustentable del país: Valle San Pedro al sur de Tijuana, la inauguración fue presidida por el presidente Felipe Calderón Hinojosa.

[7]​ Aunque la Universidad Autónoma de Baja California (UABC) es una institución pública de educación superior, esta no se encuentra bajo el control de la administración del estado y posee completa autoridad legal para llevar a cabo sus funciones centrales: investigación, difusión cultural y servicio a la comunidad.

Un Consejo Universitario actúa como la autoridad colegial responsable de hacer cumplir todas las reglas y normas establecidas para permitir la función organizada de todo el personal administrativo, académico y estudiantil.

Un Tribunal Universitario se ocupa de los asuntos estudiantiles y supervisa todas las cuestiones que afectan a los estudiantes, incluyendo las decisiones y medidas adoptadas por el órgano de gobierno universitario.

La Rectoría actúa como jefe ejecutivo, líder, y representante legal de la institución.

Miembros del Patronato tiene derecho a la reelección y su servicio es sin retribución monetaria.

Este Tribunal está dotado de plena autonomía para resolver jurisdiccionalmente los litigios sometidos a su potestad, y para conciliar en su caso los intereses en conflicto, sin más sujeción que el respeto pleno al derecho universitario.

Luis Enrique Palafox Maestre, rector Los Vicerrectores, con sede en las ciudades de Ensenada, Mexicali y Tijuana, actúan como el jefe institucional de cada plantel universitario y reportan al Rector.

Las Vicerrectorías son responsables de la operación diaria del programa administrativo y académico, así como proveer liderazgo y coordinación del plantel que les corresponde.

Esta se sitúa en una sección llamada, Ciudad Salud,[9]​ ya que se plantea construir y edificar la mayoría de los nuevos hospitales públicos y privados de la ciudad.

Tres facultades están en transición (Medicina, Odontología y Enfermería), por lo que sus ubicaciones siguen en funcionamiento.

Actualmente cuenta con 3547 estudiantes (ciclo 2012-2) distribuidos en las dos facultades que forman parte de este campus, CITEC y CISALUD.

En estas dos instituciones se ofrecen estudios en oceanología a nivel licenciatura, maestría y doctorado.

También se hace investigación de clase mundial en oceanografía física, biológica, química y geológica.

El Instituto de Investigaciones Oceanológicas edita su propia revista científica internacional llamada Ciencias Marinas.

La UABC cuenta también con la Unidad Universitaria San Quintín en donde se encuentra la única Facultad de Ingeniería y Negocios que promueve las carreras de Ingeniería en Computación, Ciencias Administrativas y Ciencias Agropecuarias en la delegación San Quintín.

En 2012, esta última reconoció a la universidad por mantener una matrícula acreditada y certificada al 89%.

No fue hasta 1996 cuando se patentó el diseño oficial del cimarrón.