Históricamente, la ANUIES ha participado activamente en la formulación de programas, planes y políticas nacionales, así como en la creación de organismos orientados al desarrollo de la educación superior mexicana.
Especialmente en años recientes, la ANUIES ha estado adoptando un papel creciente de cabildeo ante la Cámara de Diputados, la Secretaría de Educación Pública y la Secretaría de Hacienda y Crédito Público en lo referente a la negociación del presupuesto del Gobierno Federal dedicado a la educación superior.
Para la Asociación, una red de colaboración representa un colectivo conformado por académicos, especialistas y estudiantes cuyo trabajo se fundamenta en flujos permanentes y continuos de comunicación, información, intercambio de recursos, experiencias y conocimientos.
El actual Secretario General Ejecutivo de la ANUIES por el periodo 2015-2019 es el Mtro.
Jorge Luis Ibarra Mendívil, el Dr. Julio Rubio Oca, el Mtro.