[2]​ Como su designación lo indica, el Campus Ensenada se encuentra en el municipio de Ensenada del estado de Baja California, sobre una zona suburbana, frente al Océano Pacífico.

El Campus Ensenada, en conjunto, posee 6 facultades, 4 escuelas, 2 institutos de investigación y un centro de educación abierta con los cuales ofrece 53 programas académicos divididos en 34 licenciaturas, 10 maestrías, 7 doctorados y 2 especialidades.

El Campus Ensenada, entre la Unidad Ensenada y Unidad Valle Dorado, cuenta con 48 edificios sobre un área de 14 hectáreas y 13 edificios sobre un área de 19 hectáreas, respectivamente.

Durante sus primeros años, la ESCM mantuvo una estrecha relación con la Institución Scripps de Oceanografía.

Durante esta época comienza el sistema de cogobierno en la UABC que puso aprueba su estructura democrática y política y por un tiempo suspedio su integridad autónoma.

Alfredo Felix Buenrostro Ceballos, la Facultad de Ciencias Marinas en colaboración con el IIO, lleva a cabo el primer doctorado en la Universidad.

Posteriormente, en agosto del mismo año, el Centro Universitario San Quintín muda sus actividades a las instalaciones que actualmente ocupa sobre terreno donado a la universidad y con una inversión de 4 millones de pesos.

El Campus Ensenada está bajo la dirección inmediata de la Vicerrectoría Ensenada cuyas labores incluyen actuar como jefe ejecutivo del plantel universitario y como líder de la entidad.

La Vicerrectoría del Campus Ensenada mantiene un Gabinete de 12 integrantes que incluyen a la Vicerrectora, la Secretaria y Auxiliar Administrativo, el Secretario Particular de Relaciones Públicas; y los Coordinadores de Planificación e Imagen Institucional, Formación Básica, Recursos Humanos, Formación Profesional y Vinculación, Servicios Estudiantiles y Gestión Escolar, Posgrado e Investigación, Servicios Administrativos, Cooperación Internacional e Intercambio Académico, e Información Académica.

El plantel universitario está divido en escuelas, facultades e institutos los cuales cuentan cada uno con un director que actúa como jefe general de su entidad.

Fue así como a finales de los años 60s que comienza el Campus Ensenada en su localidad actual.

Juntos, UABC Ensenada posee 6 facultades, 4 escuelas y 2 institutos de investigación con los cuales ofrece 53 programas académicos divididos en 34 licenciaturas, 10 maestrías, 7 doctorados y 2 especialidades sirviendo a más de 9 mil estudiantes.

La Unidad Ensenada, como sede del Campus Ensenada, cuenta con la mayoría de sus instalaciones académicas así como las oficinas de la Vicerrectoría y los recursos y servicios académicos.

La Universidad San Quintín posee la Facultad de Ingeniería y Negocios que promueve las carreras de Ingeniería en Computación, Ciencias Administrativas y Ciencias Agropecuarias.

Los programas académicos disponibles en la Unidad Valle Dorado incluyen la licenciatura en contabilidad, negocios internacionales, administración de empresas, informática, derecho, educación, psicología, ciencias de la comunicación y la licenciatura en actividad física y deporte.