El río Nuevo es producto de diversos afluentes productos de múltiples drenes al este de la Ciudad de Mexicali que a la altura del Cerro Prieto, se ubica un parteaguas que corre hacia el oeste e induce a que cierta cantidad de agua, fluya hacia al sur incluyendo al Río Hardyy lleguen al desemboque del Río Colorado, y otras aguas, fluyan hacia el norte a través del Río Nuevo.

Los otros afluente son residuos de drenes en la zona urbana de Mexicali, así como aguas tratadas en la Colonia Zaragoza, producto del drenaje sanitario de Mexicali, y que se incorpora al Río Nuevo, justo en la Línea Fronteriza México - Estados Unidos.

El Río Nuevo fluye por el antiguo cauce que ocasionalmente se activaba con excedentes del Río Colorado y fluían hacia el oeste y al norte del parteaguas, para luego tomar la barranca del Río Nuevo que se creó por la inundación entre 1905–1907 al suscitarse un accidente en las presas cuando se intentaba llevar agua del río Colorado al fértil Valle de Mexicali para luego cruzar la ciudad y la frontera y continuar su curso de 106 km hacia el norte pasando por el oeste de la ciudad de Calexico, Valle imperial, y Westmorland California, hasta desembocar en el Salton Sea.

[1]​ En 2012 se inició el programa Corredores Verdes en el cual, el Río Nuevo fue reforestado con diversas plantas, a fin de mejorar la calidad del aire y embellecer la zona.

El agua del canal contiene una mezcla de alrededor de 100 contaminantes, compuestos volátiles orgánicos, metales pesados (incluyendo selenio, uranio, arsénico y mercurio), así como pesticidas (incluyendo DDT) y PCB.