En la actualidad, cuenta con 12 escuelas especializadas en el ámbito de las ciencias agrarias, naturales y medio ambientales.
Se ha ubicado siempre dentro de los diez primeros lugares a nivel nacional en los diversos rankings universitarios.
Es autónoma en los ámbitos administrativo, económico, normativo, de gobierno y académico.
Junto a la UNE, son las dos únicas universidades nacionales que no devuelven la prueba de admisión al alumno.
La Molina cuenta con tres institutos regionales de desarrollo , situados en los tres grandes pisos ecológicos del Perú: costa, sierra y selva, buscando ayudar al desarrollo sostenible de las zonas que las acoge.
Este centro cuenta con diferentes espacios de creación en donde las personas podrán experimentar a través de diversos recursos tecnológicos, bibliográficos y creativos como la fabricación digital, modelado 3D, corte láser, acceso a plataformas MOOC y investigaciones científicas.
La Universidad Nacional Agraria La Molina siempre ha colaborado significativamente en el desarrollo científico del Perú a lo largo de su historia.
Del total de 92 universidades licenciadas en el Perú,[5] la Universidad Nacional Agraria La Molina se ha ubicado regularmente dentro de los diez primeros lugares a nivel nacional en determinados rankings universitarios internacionales.