Zagato tuvo cinco hermanos y perdió a su padre en 1905, lo que le obligó a emigrar a Alemania para trabajar en la industria metalúrgica en Colonia.

Regresó en 1909 para servir en el ejército y se unió a la empresa Carrozzeria Varesina de Varese, mientras estudiaba en la escuela de diseño de Santa María.

[1]​ Durante Primera Guerra Mundial se trasladó a Turín y se unió al fabricante de aviones Pomilio, donde se familiarizó entre 1915 y 1919 con las técnicas de los fuselajes ligeros.

Fundó en 1919 Carrozzeria Ugo Zagato & Co., un taller de Milán donde estableció estrechos vínculos con Alfa Romeo.

[2]​ Su taller fue destruido y reconstruido en 1946 fuera de Milán después de Segunda Guerra Mundial junto con sus hijos Elio Zagato (1921-2009) y Gianni Zagato (nacido en 1929), siendo conocido como La Zagato.