Tras su regreso a Japón en diciembre de 1885, ocupó diversos cargos administrativos en el Estado Mayor del EIJ.La delegación permaneció en Rusia hasta agosto, período durante el cual Uehara fue oficialmente reasignado al 4º Buró del Estado Mayor.Con el estallido de la Guerra Ruso-Japonesa, Uehara fue designado jefe de personal del Cuarto Ejército japonés, bajo el mando del general Nozu Michitsura.Según diversos relatos, el general Nozu era conocido por su personalidad exigente y compleja, siendo su yerno una de las pocas personas que lograba mantener una relación armoniosa con él.La 7ª División del EIJ, bajo su mando, era una unidad de guarnición estacionada en Asahikawa, Hokkaido.Debido a la política fiscal rigurosa que seguía el gobierno civil, Uehara pronto se vio envuelto en conflictos con el ejército, que exigía un incremento en la financiación para la creación de dos nuevas divisiones de infantería.Cuando Uehara dimitió como Ministro del Ejército en virtud de este conflicto, el resto del gabinete presentó su renuncia en bloque debido a que el Ejército se negó a designar un sucesor.Mientras ocupó este cargo, autorizó la Intervención Siberiana en apoyo de las fuerzas rusas blancas contra el Ejército Rojo bolchevique en la Guerra Civil Rusa .Su tumba se encuentra en el cementerio de Aoyama, en Tokio.
