El programa se centra en los agentes especiales del FBI Fox Mulder (David Duchovny) y Dana Scully (Gillian Anderson) que trabajan en casos relacionados con lo paranormal, llamados expedientes X. Mulder cree en lo paranormal, mientras que la escéptica Scully ha sido asignada para refutar su trabajo.
«Two Fathers» sigue una historia que conduciría a la destrucción del Sindicato: con el regreso inesperado de Cassandra Spender y los rebeldes extraterrestres, los miembros del Sindicato se preparan para la invasión final.
«Two Fathers» fue escrito para eliminar el Sindicato y relanzar la mitología de la serie.
Walter Skinner lleva a su hijo, Jeffrey Spender, al lugar de los hechos, donde se encuentra con su madre.
Más tarde, el Dr. Openshaw informa al fumador (William B. Davis) sobre la finalización del proyecto, diciendo que necesita matar a su exesposa ya que ella es el primer híbrido extraterrestre-humano exitoso.
Mientras tanto, uno de los ancianos del Sindicato es asesinado por un rebelde extraterrestre, quien luego toma su forma.
Posteriormente, Mulder y Scully visitan a Cassandra en el hospital, quien les informa que los extraterrestres están aquí para destruir toda la vida en la Tierra, afirmando además que esta amenaza extraterrestre se mueve por el Universo para colonizar otros planetas.
Ella afirma que una fuerza rebelde de extraterrestres está mutilando sus caras para evitar la infección por el aceite negro.
Toda la línea de la historia del Sindicato, las abejas, los extraterrestres y los chips en el cuello, todos parecían encajar accidentalmente en su lugar y crear una historia intrigante y misteriosa que eventualmente se volvió tan misteriosa e intrigante que Chris tuvo que volarla, porque ya no podía lidiar con eso».
Kim Manners sintió que era difícil «acostumbrarse» a la nueva área de filmación.
Manners declaró que estaba «muy nervioso» al filmar esta escena porque el equipo necesitaba crear un incendio dentro de la casa, lo cual fue realizado por Kelly Kerby y Bobby Calvert.
Tom Kessenich, en su libro Examinations: An Unauthorized Look at Seasons 6–9 of the X-Files escribió positivamente sobre el episodio, diciendo que «maravillosamente» desarrolló a los personajes del programa, ya que «reveló muchas de las respuestas a las preguntas que se han hecho colgando por algún tiempo sin usar a Mulder o Scully como conductos para muchas de estas respuestas».
Mientras promocionaba el episodio, Carter dijo que daría muchas respuestas esperadas pero al mismo tiempo crear otras nuevas.
[15] Vitaris escribió positivamente sobre la filmación del episodio, escribiendo, «visualmente, el episodio se ve bien [...] pero las escenas en el hangar son llamativas, con puertas que se abren lentamente y extraterrestres caminando hacia adelante, oscurecidos por una luz brillante».
[15] Sin embargo, criticó la trama del episodio y señaló que «Two Fathers» «se dirigía directamente por un camino ya recorrido por docenas de libros, cuentos, películas y otros programas de televisión».