El Sindicato opera en los más altos niveles del poder, intangible y lejos de miradas indiscretas, oculta insidiosamente un programa de unas razas extraterrestres desconocidas que pretenden colonizar y repoblar el planeta, además de los propios intereses del Sindicato y su implicación en ese futuro, el cual consideran inevitable.
El líder del Sindicato era un antiguo magnate industrial alemán llamado Conrad Strughold, que había huido de su país natal y se trasladó a Túnez.
Se dice que el director Chris Carter dio a conocer la compañía con este nombre por la crítica realizada por Matt Roush del periódico USA Today, que era un gran defensor de The X-Files.
[13] En 1998 llegó a oídos del Sindicato que una facción rebelde alienígena estaba operando en la Tierra.
Este grupo renegado de extraterrestres fue atacado y conquistado en su planeta natal por los colonizadores.
Poco tiempo después, un grupo más numeroso de abducidos fueron convocados en la Montaña Skyland mediante unos dispositivos metálicos.
[14] Al año siguiente los rebeldes hicieron su acto más audaz y destructivo.
[15] El Fumador se puso en contacto con su hijo, Jeffrey Spender, y le acusó de haber asesinado personalmente al rebelde alienígena que estaba ocupando el puesto encubierto del Segundo Elder.
[12] En fechas posteriores, durante 1999, Scully le preguntó a Mulder si aún quedaba algo más por hacer o descubrir, salvo sacar a la luz los secretos de un complot urdido por unos hombres que habían estado haciendo experimentos con humanos y cuyos miembros ya habían fallecido.
Mulder le respondió que aún tenía esperanza de encontrar a su hermana.
[16] Más adelante Mulder soñó con el Sindicato, en donde una versión imaginaria del Fumador afirmaba que su grupo «había hecho desaparecer a culturas enteras».
[18] En la octava temporada, la Doctora Lizzy Gill les confesó a Mulder, al director adjunto Walter Skinner y al agente especial John Dogget, que durante los últimos diez años ella y sus compañeros habían estado trabajando en la creación de un híbrido humano-extraterrestre.
Dentro esta organización estaban miembros tales como Toothpick Man,[20] Gene Crane y Knowle Rohrer, entre otros.
[23] En el estreno de la undécima temporada, en My Struggle III, Mulder se encontró con el Señor Y y su cómplice Erika Price, quienes afirmaron ser exmiembros del Sindicato que velaban por sus propios intereses, con unos objetivos totalmente dispares a sus predecesores, como la colonización del espacio y la realidad simulada.
Los Hombres de Negro son análogos a los Alien Bounty Hunters, empleados por los Colonizadores.
Sin embargo, los Hombres de Negro no eran tan confiables como los cazarrecompensas y, aunque a veces fueron empleados inicialmente, los Alien Bounty Hunters eran más capaces y efectuaron trabajos más difíciles.