Fue dirigido por Rob Bowman y escrito por el creador de la serie Chris Carter.«Paper Clip» contó con apariciones especiales de Sheila Larken, Melinda McGraw y Nicholas Lea.El programa se centra en los agentes especiales del FBI Fox Mulder (David Duchovny) y Dana Scully (Gillian Anderson), quienes trabajan en casos relacionados con lo paranormal, llamados expedientes X.Continuando con el episodio anterior, Dana Scully (Gillian Anderson) y Walter Skinner (Mitch Pileggi) se sostienen a punta de pistola.Los agentes visitan a los pistoleros solitarios, mostrándoles una foto antigua de Bill Mulder, el fumador, Garganta Profunda y otros miembros del Sindicato.Melvin Frohike le informa a Scully sobre el estado de su hermana Melissa.Mientras tanto, Mulder y Scully visitan a Klemper, quien dice que la foto fue tomada en Strughold Mining Facility, una antigua mina en Virginia del Oeste.Mientras tanto, en el hospital, Albert Hosteen visita a Melissa mientras un hombre trajeado merodea cerca.Mientras tanto, Skinner le dice al fumador que puede haber encontrado la cinta digital.El fumador está agitado por esto, insistiendo en que no hará un trato con Skinner y amenazando tácitamente su vida.Al escuchar ruido, Mulder se dirige afuera y es testigo de un ovni volando por encima; adentro, pequeños seres pasan corriendo junto a Scully.Después de objetar inicialmente, Mulder accede a dejar que Skinner entregue la cinta.En la sede del FBI, Skinner se reúne una vez más con el fumador sobre la cinta.Mulder se encuentra con Scully en el hospital, quien le revela que su hermana murió unas horas antes.[4] Además, señala que casi todos los científicos retratados en The X-Files están representados con una «conexión con el mal antiguo», con la única excepción de la Agente Scully.El Victor Klemper ficticio se basa en Strughold, quien fue acusado de realizar experimentos similares en humanos.Bowman dijo: «Cuando terminé “Paper Clip”, pensé: “No sé qué más voy a hacer este año para superar esto”».