Al nacer, el primogénito de la pareja Ine y Tyomatsu Watanabe se llamaba Tyohiti.

A la edad de tres años, fue abandonado primero por su padre y luego por su madre.

Debido a esto, fue criado por su tío, Zendayu Makiguchi, de quien adoptó su apellido.

En 1893, cuando cumplió 22 años y poco antes de graduarse, cambió su nombre a Tsunesaburo Makiguchi.

[3]​ En 1901, debido a un incidente asociado con una aparente ruptura disciplinaria, Makiguchi se vio obligado a dejar su puesto en la escuela, lo que trajo serias dificultades financieras para él y su familia.

Con el estallido de la Segunda Guerra Mundial y la entrada de Japón en ese conflicto, todos los ciudadanos se vieron obligados a abrazar el sintoísmo, que adoctrinó a la gente para dedicar sus vidas al Emperador.