Su trabajo cae principalmente en estas categorías: El jefe de la Penitenciaría apostólica, el penitenciario mayor, es uno de los pocos funcionarios del Vaticano que conservan sus cargos durante la sede vacante.
[1] Si el penitenciario mayor es un cardenal elector, es una de las tres únicas personas en el cónclave a las que se les permite comunicarse con los que están fuera del cónclave, de forma que pueda seguir cumpliendo con sus funciones (los otros dos son el cardenal vicario de Roma y el vicario general).
Sus orígenes se remontan, a finales del siglo XIII, al cardenal encargado de recibir las confesiones por el papa (cardinales qui confesiones pro Papa recipit), es decir, aquel que trata todos los asuntos de conciencia, tanto internos (incluso fuera de la confesión sacramental) como externos.
Hoy en día la Penitenciaría está dirigida por un cardenal prefecto, el penitenciario mayor, asistido por un regente, dos oficiales y un consejo de prelados.
Su estructura y funciones actuales fueron reguladas por el papa Juan Pablo II a través de la constitución apostólica Pastor Bonus.