El 4Runner de tercera generación presentó nuevos motores compartidos con las camionetas pickup Toyota Tacoma de primera generación: En Estados Unidos, el 4Runner estaba disponible en tres versiones; el motor V6 estaba limitado a las dos versiones superiores (SR5 y Limited).

Además, las versiones Hilux Surf pasaron inmediatamente a llantas de 16 pulgadas y ganaron un diferencial central, permitiendo por primera vez el uso de la tracción a las cuatro ruedas en superficies duras sin complicaciones.

En Japón, en julio de 1996 se introdujo una versión con intercooler del turbodiésel 1KZ-TE, que aumentó la potencia máxima a 140 hp (100 kW), con disponibilidad limitada únicamente al Hilux Surf SSR-G.

La ergonomía del interior se cambió por completo, trasladando todos los controles al centro del tablero para la luneta trasera y el descongelamiento, también recibió un nuevo panel de instrumentos con odómetro digital.

Las camionetas Limited también recibieron un nuevo control de temperatura electrónico y un estéreo mejorado.

Esta sería la última vez que se ofrecería un 4Runner con transmisión manual.

También se incluyó un diseño de espejo lateral nuevo y más elegante.

Fue reemplazado por el nuevo sistema de control de tracción avanzado que ofrecía un rendimiento similar al aplicar los frenos individuales para dirigir la potencia a los neumáticos que necesitaban más tracción.

Basado en la serie Land Cruiser Prado 120, el nuevo 4Runner conservó los mismos temas básicos de estilo exterior y todavía se comercializó como un SUV semilujoso de tamaño mediano con capacidades todoterreno.

Un nuevo V6 4.0 L 1GR-FE con certificación LEV que produce 245 hp (183 kW) y 282 lb⋅ft (382 N⋅m) de torque es estándar, pero por primera vez, un V8 estuvo disponible, el motor 2UZ-FE de 4.7 L certificado ULEV que en USA.

En 2004, para el año modelo 2005, la incorporación del VVT-i aumentó la potencia a 268 hp (200 kW) y 315 lb⋅ft (427 N⋅m).

Se ofrecieron tres niveles de equipamiento: SR5, Sport Edition y Limited.

La versión Limited presentaba revestimientos y parachoques pintados del color de la carrocería.

Los modelos deportivos también presentaban una toma de aire en el capó no funcional.

Un nuevo sistema de suspensión, X-Relative Absorber System (X-REAS), se volvió estándar en la Sport Edition y opcional para los modelos SR5 y Limited; a veces se incluye una suspensión neumática trasera con nivelación automática y altura ajustable con esta opción en los modelos Limited.

El sistema X-REAS vincula los amortiguadores en diagonal mediante mangueras hidráulicas y fluido mediante una válvula central mecánica que reduce el balanceo de la carrocería en las curvas cerradas.

El sistema Hill-Start Assist Control (HAC) evita que la 4runner ruede hacia atrás en pendientes y un Downhill Assist Control (DAC, solo 4WD) modula los frenos y el acelerador automáticamente sin intervención del conductor para descensos suaves en pendientes a velocidades muy bajas; ambas ayudas electrónicas son estándar en los modelos 4WD.

Un sistema de cámara retrovisor opcional en los modelos Limited utilizaba dos cámaras montadas en los pilares D interiores para brindar una visión más amplia al dar marcha atrás.

Sólo el Chevrolet Astro, el Infiniti G35 y el BMW serie 7 tuvieron tasas de mortalidad más bajas.

[3]​ Se basa en el mismo chasis sobre carrocería.GA-F plataforma como la Tacoma camioneta, y comparten muchos componentes mecánicos.