Así, cuatro ciclistas fueron descalificados para coger trenes por ahorrarse un trozo de camino, mientras algunos espectadores lanzaban clavos en las carreteras.

1906 también fue el año en que se introdujo la bandera roja que indica a los ciclistas la entrada en el último kilómetro; y se pintó en la llegada una línea blanca para señalar el lugar exacto del final de etapa y evitar dudas.

De los 76, cuatro eran belgas, un luxemburgués (el posterior vencedor François Faber), un alemán y el resto franceses.

Antes de comenzar la carrera los principales favoritos eran Cadolle, Aucouturier, Georget, Pottier, Trousselier, Dortignac y Petit-Breton.

[7]​ Como en 1905, los ciclistas se dividieron en dos categorías: los coureurs de vitesse y los coureurs sur machines poinçonnées, en la que los ciclistas de la primera categoría se les permitía cambiar las bicicletas, lo que podía ser una ventaja en las montañas, donde podrían utilizar una bicicleta con marchas más cortas.

[9]​ En la primera etapa se lanzaron clavos en la carretera, y todos los ciclistas exceptuando Lucien Petit-Breton pincharon.

En la segunda etapa René Pottier, que había demostrado sus cualidades de escalador en la edición anterior, y era el principal favorito se vio obligado a detenerse durante 58 minutos por una avería mecánica cuando se llevaban disputados 175 km de etapa.

En la tercera etapa, cuatro ciclistas (Julien Gabory, Henri Gauban, Gaston Tuvache y Maurice Carrere) fueron descalificados por tomar un tren.

Una leyenda cuenta que Pottier entró en un bar y pidió una botella de vino, la cual casi termina solo.