Los veinte equipos se dividen en dos grupos, que serán formados por sorteo, tomando como base su posición en la Fase 1 2020.

[1]​ El campeón de la Fase 2 clasificará a los play-offs y a la Copa Libertadores 2021,[2]​ siempre y cuando se ubique entre los ocho primeros de la tabla acumulada culminados los dos torneos.

En caso de que no logre ubicarse dentro de dicha posición, será reemplazado por el club mejor ubicado en la tabla acumulada que no haya clasificado a los play-offs.

[3]​ En el torneo participarán 20 equipos: los 16 primeros clasificados en la tabla acumulada de la Liga 1 2019, el campeón de la Liga 2 2019, el campeón de la Copa Perú 2019 y el primer y segundo puesto del Cuadrangular de Ascenso 2019.

Fuente: ADFPReglas de clasificación: 1) Puntos; 2) Diferencia de goles; 3) Goles a favor; 4) Sorteo.Si hay equipos con el mismo puntaje en el primer puesto: 2) Play-off.