Jhon Marchán fue promovido de las reservas del Portuguesa F. C. en el 2015, a los 16 años.

[2]​ Su participación aumentó en el 2018 respecto a la temporada 2017, y en la temporada 2019 participó en 34 partidos, y marcó 7 goles.

[3]​ Durante su carrera en el club, llegó a jugar 91 partidos y marcar 11 goles con el primer equipo.

[4]​[5]​ Jhon Marchán llegó al club celeste en febrero de 2020.

[6]​[7]​ Jugó su primer partido en la victoria 4-1 ante Sport Boys,[8]​[9]​ y anotó su primer gol en el empate 3-3 ante Carlos A.