Se desarrolló como futbolista en las divisiones inferiores de Rosario Central, donde estuvo por seis años, pero sin debutar con el primer equipo.

Luego disputó algunos partidos por Chacarita Juniors, Sportivo Italiano y Patronato en la segunda división argentina.

Tras una gran temporada 2011, donde anotó veintinueve goles en treinta y nueve partidos, fue contratado por Unión Española.

Aunque solo estuvo media temporada, consiguió ser el máximo goleador del torneo de Apertura 2012 y anotar en cinco oportunidades en la Copa Libertadores 2012.

En el equipo francés se mantuvo por dos temporadas, pero tras una irregular campaña en 2013 fue cedido a Tigres, donde jugó un semestre y logró ser campeón de la Copa México.

Emanuel Herrera nació en Fighiera, Departamento Rosario, provincia de Santa Fe, Argentina.

[2]​ Sus tres temporadas en Argentina fueron un fracaso, ya que solo jugó en dieciséis ocasiones y no marcó goles.

[7]​ Su primer tanto lo anotó en la fecha siguiente frente a Lota Schwager, al que derrotaron por la cuenta mínima.

En el encuentro de ida jugado en Concepción, Herrera anotó los dos goles del cuadro penquista para conseguir empatar 2-2,[17]​ pero en la vuelta su club perdió por 2-0, lo que no les dejó clasificar a la Copa Sudamericana 2011.

[19]​ En la fecha siguiente, el club goleó por 5-0 a Unión Temuco, con dos anotaciones de Herrera, que no convertía desde junio.

[25]​ Durante el tiempo restante, consiguieron cuatro victorias consecutivas, una derrota frente Rangers y un empate contra Deportes Copiapó.

[35]​[36]​ El 24 de marzo del mismo año, hizo su segundo doblete en la goleada 5-2 contra Deportes La Serena.

[39]​ En el campeonato local, Herrera continuó sus buenas actuaciones, y en las siete fechas que restaban para el inicio de los play-offs le convirtió a: Colo-Colo,[40]​ Santiago Wanderers[41]​ y a Universidad de Concepción.

[42]​ Con esto concretó diez goles en la fase regular, cifra que podía aumentar pues Unión logró la clasificación a la ronda final al quedar en la quinta posición.

[46]​ Con esto finalizó su participación en el Apertura con once tantos, lo que lo dejó como goleador del torneo junto al también argentino Enzo Gutiérrez y a Sebastián Ubilla.

Debemos apoyarlo para que tenga una temporada exitosa, si marca diez o doce goles, la apuesta habrá funcionado».

[53]​ Tras la anotación se mantuvo algunos encuentros como titular, pero de a poco también alternó su puesto con el francés Gaëtan Charbonnier.

Con esto acabó la participación del club francés en la competencia, que disputaba el encuentro sin ninguna posibilidad de avanzar.

[75]​ Lo anterior hizo que tiempo después criticara la decisión del técnico Quinteros de no hacerlo jugar en las finales.

[76]​ Con ello terminó su primera temporada en Ecuador como campeón de la Serie A y con ocho goles en veintiséis partidos, aunque entrando en la gran mayoría desde el banquillo.

[80]​[81]​ Su baja cuota goleadora lo relegó al banco de suplentes y a entrar durante los segundos tiempos.

[89]​ Además de todo, Emelec no pudo conseguir el tetracampeonato, ya que Barcelona fue líder en las dos etapas.

[96]​ En Copa Libertadores destacó a pesar de que su equipo terminó en el último lugar del grupo 3.

[98]​ En el Torneo de Apertura Herrera tuvo una racha goleadora y anotó ocho goles en siete partidos.

A. P. se aseguró la cesión del jugador de Emelec por seis meses, lo que marcó su segundo período en México tras su temporada en Tigres.

Finalizada su cesión y el contrato que lo ligaba a Emelec, Herrera firmó con Sporting Cristal por dos temporadas.

[102]​ Mario Salas, el nuevo técnico del equipo, confió en el jugador y le dejó debutar en la primera fecha del Torneo de Verano contra Sport Rosario, al que vencieron por 4-1 con un gol suyo.

[108]​ Esto se debió a que criticó duramente la decisión de cambiarlo al final del partido contra Unión Comercio.

[108]​ Solucionado el problema, continuó con su racha y anotó en total ocho goles en trece partidos, lo que resultó vital para que Sporting Cristal fuera campeón y asegurara su participación en la final por el Campeonato Descentralizado.

[112]​ Su gran año lo coronó con la obtención del Campeonato Descentralizado tras vencer en la final a Alianza Lima por un global de 7-1.