Allí, Falkner fue alumno del prestigioso anatomista Richard Mead, y, según algunas fuentes, de Isaac Newton.En 1738 hizo renuncia de sus bienes, y al año siguiente se ordenó sacerdote.Durante su estadía en Córdoba ejerció la medicina, ganando reconocimiento, e instaló la primera botica o farmacia de esa ciudad.Al terminar su preparación Falkner recorrió como misionero y médico, varias provincias.Fuera del ámbito universitario, tuvo una vasta actuación como médico y botánico.Más tarde, en 1778, presentó Acerca de los Patagones, una obra que luego sería traducida por el padre Guillermo Furlong y publicada en Argentina recién en 1956.